年末調整と確定申告の違いは？両方必要なケースを解説【2026年版】

年末調整と確定申告、何が違う？

「年末調整」と「確定申告」はどちらも所得税を精算する手続きですが、対象者や実施者が異なります。

| 項目 | 年末調整 | 確定申告 |

|---|---|---|

| 対象者 | 会社・事業所に雇われている給与所得者 | 個人事業主・副業所得20万円超の会社員など |

| 実施者 | 雇用主（会社の経理・総務） | 本人 |

| 実施時期 | 毎年11〜12月 | 翌年2月16日〜3月15日 |

| 目的 | 源泉徴収税額と正しい税額の差額を精算 | 1年間の所得・税額を自ら申告・納税 |

対象者別の整理

| 属性 | 年末調整 | 確定申告 |

|---|---|---|

| 会社員（副業なし） | 会社が実施 | 原則不要 |

| 会社員（副業所得20万円超） | 会社が実施 | 必要 |

| 会社員（副業所得20万円以下） | 会社が実施 | 原則不要（住民税申告は別途） |

| 個人事業主 | 不要（受けられない） | 必要 |

| 個人事業主でアルバイト兼業 | アルバイト先が実施 | 個人事業分は確定申告必要 |

| 2か所以上から給与を受け取る人 | 主たる給与先が実施 | 必要 |

年末調整で対応できない控除（→確定申告が必要）

以下の控除は年末調整では対応できないため、確定申告が必要です。

| 控除の種類 | 理由 |

|---|---|

| 医療費控除 | 年末調整の対象外 |

| ふるさと納税（寄附金控除） | 年末調整不可（ワンストップ特例は例外） |

| 住宅ローン控除（初年度） | 1年目は確定申告が必要。2年目以降は年末調整でOK |

| 雑損控除（災害・盗難） | 年末調整対象外 |

| 寄附金控除（認定NPO等） | 年末調整対象外 |

| 繰越損失の控除 | 確定申告でのみ可能 |

両方やる必要があるケース

以下に当てはまる方は、年末調整を受けた上で確定申告も必要です。

ケース1：会社員＋副業収入（年間20万円超）

勤務先で年末調整を受け、副業分の所得を別途確定申告します。

ケース2：会社員＋医療費控除を受けたい

年末調整後に確定申告で医療費控除を申告します。

ケース3：会社員＋ふるさと納税

ふるさと納税は年末調整で対応できないため、確定申告で寄附金控除として申告します。

重要：ワンストップ特例を申請していても、確定申告をする場合はワンストップ特例が無効になります。 確定申告書に必ずふるさと納税を記載してください。

ケース4：会社員＋住宅ローン控除（初年度）

住宅ローン控除は1年目のみ確定申告が必要です。2年目以降は年末調整で対応できます。

ケース5：個人事業主で給与所得もある

給与所得分は勤務先が年末調整を行い、個人事業分は確定申告で申告します。

年末調整で申告できる主な控除

| 控除の種類 | 申告方法 |

|---|---|

| 基礎控除 | 年末調整（申告書に記載） |

| 配偶者控除・配偶者特別控除 | 年末調整 |

| 扶養控除 | 年末調整 |

| 社会保険料控除 | 年末調整 |

| 生命保険料控除 | 年末調整（控除証明書添付） |

| 地震保険料控除 | 年末調整（控除証明書添付） |

| 住宅ローン控除（2年目以降） | 年末調整 |

個人事業主は年末調整を受けられない

個人事業主は雇用されている給与所得者ではないため、年末調整の対象外です。毎年2月〜3月の確定申告で1年間の所得・税額を申告・納税します。

会計ソフトを使えば確定申告書を自動作成できるため、確定申告の負担を大幅に減らせます。

よくある質問

年末調整の後に確定申告した場合、還付はある？

医療費控除・住宅ローン控除初年度・ふるさと納税など控除を追加で申告した場合、払いすぎた税金が還付されます。

副業がバレる原因は年末調整？

年末調整自体ではなく、住民税の額が原因です。副業収入があると住民税が増加し、会社に通知される金額との差異でバレます。確定申告時に住民税の「普通徴収」を選択することで対策できます。

確定申告だけで年末調整なしにできる？

会社員は年末調整が原則です。年末調整を行わないと、追加で確定申告が必要になり手続きが増えます。

まとめ

| | 年末調整 | 確定申告 |

|---|---|---|

| 会社員（副業なし） | ◎ 会社が実施 | 原則不要 |

| 会社員（医療費控除等あり） | ◎ 会社が実施 | 必要（追加控除分） |

| 個人事業主 | 不要 | ◎ 必要 |

会社員でも医療費控除・ふるさと納税・住宅ローン控除（初年度）がある場合は確定申告が必要です。個人事業主は毎年確定申告が必須なので、会計ソフトで日々の帳簿をつけておくと楽になります。