インボイス制度に対応した会計ソフトの選び方【2026年最新】個人事業主向け

インボイス制度、会計ソフトで何が変わる？

2023年10月から始まったインボイス制度（適格請求書等保存方式）により、個人事業主の経理処理は大きく変わりました。

インボイス制度で必要になること

取引先からの請求書に登録番号があるか確認する
登録番号のない請求書は仕入税額控除が制限される
自分が発行する請求書に登録番号を記載する（登録事業者の場合）

これらを手作業で管理するのは大変ですが、対応した会計ソフトを使えば自動化できます。

インボイス対応会計ソフト比較表

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| freee会計 | ◎自動チェック | ◎ | ◎ | 月980円〜 |

| マネーフォワードクラウド | ◎自動チェック | ◎ | ◎ | 月900円〜 |

| Misoca | ◎ | ◎（専門） | ◎ | 月0円〜 |

インボイス制度で「登録する・しない」の判断

まず、インボイス登録事業者になるかどうかを確認しましょう。

登録した方がいい場合

取引先が課税事業者（会社・法人）が多い
取引先から「インボイス登録してほしい」と言われている
年間の売上が1,000万円を超えている（そもそも課税事業者）

登録しなくてもいい場合

取引先が一般消費者（個人）がほとんど
フリーランスで個人向けサービスのみ提供している
売上規模が小さく、消費税を受け取っていない

インボイス対応ソフトの選び方 3つのポイント

1. 登録番号の自動チェック機能があるか

取引先から受け取った請求書の登録番号が正しいかを、国税庁のデータベースと自動照合してくれる機能です。

freee・マネーフォワードは対応しています。

2. 適格請求書（インボイス）を発行できるか

自分がインボイス登録事業者なら、請求書に登録番号を記載する必要があります。

freee・マネーフォワード・Misocaはすべてインボイス形式の請求書を発行できます。

3. 電子帳簿保存法（電帳法）にも対応しているか

インボイスと同時期に施行された電帳法では、電子取引データの電子保存が義務化されました。

主要な会計ソフトはすべて対応済みですが、設定が必要な場合があります。

各ソフトのインボイス対応詳細

freee会計

取引先の登録番号をマスタ登録し、自動チェック
インボイス形式の請求書を標準機能で発行可能
電帳法対応の電子書類保存機能を搭載
免税・課税・80%控除・50%控除を自動判定

マネーフォワードクラウド

受取請求書の登録番号を自動照合
マネーフォワードクラウド請求書と連携してインボイス発行
2,300以上の金融機関連携で仕訳を自動化
取引先別の控除率設定が可能

やよいの青色申告オンライン

インボイス対応の仕訳・帳簿作成に対応
請求書発行はMisoca（同グループ）との連携で対応
Misocaで作成したインボイスが自動で帳簿に反映

Misoca（請求書特化）

インボイス（適格請求書）の発行に特化
月10通まで無料で使える
やよいの青色申告と連携すれば確定申告まで対応

インボイス登録事業者になったら最初にやること

1. 会計ソフトに登録番号を設定する

- プロフィール・事業者設定から「適格請求書発行事業者登録番号」を入力

2. 取引先の登録番号をソフトに登録する

- 主要取引先の登録番号を登録しておくと自動チェックが機能する

3. 請求書テンプレートを更新する

- 登録番号・適用税率・税額が明記されたテンプレートに変更

4. 受取請求書の保存方法を確認する

- 電帳法に基づき、PDFなどの電子データは電子のまま保存する

よくある質問

インボイス制度に対応していない古い会計ソフトはどうすればいい？

インストール型の古いソフトはインボイスに対応していない場合があります。

クラウド型のfreee・マネーフォワード・やよいオンラインは随時アップデートされているため、最新の制度に対応しています。

免税事業者のままでも会計ソフトは必要？

免税事業者でも確定申告は必要です。

収支の記録・帳簿作成のために会計ソフトは引き続き役立ちます。

取引先から請求書の登録番号を求められた場合は、インボイス登録を検討してください。

インボイス対応で料金が上がるソフトはある？

freee・マネーフォワード・やよいはインボイス対応機能を既存プランに含めており、追加料金は発生していません（2026年3月時点）。

まとめ

インボイス制度への対応は、クラウド型の会計ソフトを使えば難しくありません。

freee・マネーフォワード → 登録番号の自動チェック・請求書発行まで一体で対応

やよい＋Misoca → 請求書はMisoca、帳簿はやよいで連携

まずは無料トライアルで実際に操作してみることをおすすめします。